Pomponio De Magistris nacque a Sonnino nel 1566. Fu avviato alla carriera ecclesiastica e divenuto sacerdote ricoprì vari incarichi presso la Curia Romana, fino ad essere "cubiculario" di papa Clemente VIII.
Nel 1608 il papa Paolo V lo elesse vescovo di Terracina, Sezze e Priverno.
Muore alla fine del 1614. A Sonnino il suo nome è rimasto legato alla chiesa di San Giovani: la chiesa era quasi completamente distrutta, lui a sue spese la fece ricostruire e la adornò di marmi, opere d'arte, reliquie di santi e la eresse a collegiata, colmandola di privilegi giurisdizionali in contrapposizione alla chiesa del principe, la chiesa di Sant'Angelo.

Una lapide sul lato destro dell'altare ricorda questa opera di rifacimento posta nell’anno 1644 dall’allora arciprete Livio Lampreda.
Sempre a destra dell’altare il vescovo Pomponio de Magistris fece erigere un monumento in memoria del nipote Pasquale mancini, morto giovane. Il monumento è certamente di scuola berniniana, anzi qualcuno lo attribuisce al Bernini giovane. Lo stemma del vescovo è posto sul frontale esterno della chiesa e sui due lati dell'altare maggiore.